Caratteristiche speciali del funzionamento della G∴L∴M∴S∴

• L'organo esecutivo è completamente separato dal quello legislativo. Il Gran Collegio, organo esecutivo, non dirige i lavori del Congresso, organo legislativo. Il lavoro del Congresso è condotto da un Ufficio del Congresso, eletto ogni anno tra i delegati delle Logge.
• Il Gran Collegio non è autorizzato ad aprire Lavori simbolici.
• Il presidente del Gran Collegio diventa "Gran Maestro" solo quando rappresenta la G∴L∴M∴S∴ all'esterno.
• L'Obbedienza è una struttura che garantisce l'aspetto amministrativo e la regolarità dei Lavori massonici.
• La G∴L∴M∴S∴ è una Federazione di Logge: ogni Loggia è sovrana nella conduzione dei suoi Lavori.
• I fondatori della G∴L∴M∴S∴ hanno espresso chiaramente la ferma volontà dell'Obbedienza di approfondire la ricerca iniziatica. Ogni attività sociale o politica è lasciata all'iniziativa delle Logge. Alcune prevedono di non prendere mai posizione nel mondo profano, altre invece sono presenti nelle attività sociali della comunità in cui si evolvono.